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Transcriptome assembly via combing junctions in splicing gra
时间:2016-11-22 点击:
报告时间:20161125日(周五)早上9:30-11:00
报告地点:北校区主楼四区107
报告人:山东大学 李国君教授


Title: Transcriptome assembly via combing junctions in splicing graphs
 
Abstract Big biological data has been generated through fast-developing biotechnologies in the past decade. More advanced algorithms are badly needed in making sense out of these datasets, in support of important biological problems interpretation. Developing algorithms for transcripts reconstruction using RNA-sequencing data became a challenging problem for scientists from different areas in recent years. A number of software, such as Cufflinks, StringTie and Trinity, have been published in Nature Biotechnology, but they all suffer from various issues in practice. In this talk I will revolutionize these traditional approaches and outline three algorithms for assembling transcriptome using RNA-sequencing data at a genome level.
 
简历
李国君,山东大学数学学院教授,博士生导师;1996 年于中科院数学院取得博士学位,1996年至今在山东大学任教。同时,于2003受聘中科院软件科学所兼职研究员; 2006年受聘美国佐治亚大学资深研究员。他长期从事图与组合优化、计算机科学和生物信息学研究,证明了以 Chvátal 猜想为代表的四个图论猜想;结束了算法理论界数个高难度的可近似性问题的争论。上述工作于 2015年获教育部自然科学二等奖。自 2004 年开展生物医学算法和软件设计研究。在转录组重构算法方面取得一系列突破,相继发表算法软件 Bridger,BinPacker 和 TransComb。三项工作均被数家学术媒体报道,其中 Bridger被评为 2015 年华人发表在 Genome Biology 上 8 篇最佳的论文之一。另外,申请人还开发了 DNA 调控序列分析算法MREC、BOBRO,宏操纵子预测算法,大规模表达数据分析算法 QUBIC、UniBic同源基因预测软件 GOST 等数个软件,相关的6篇文章均以第一或通讯作者发表在 Nucleic Acids Research。